Skip to main content

GATC Biotech bringt Next Generation Sequencing basierte Strategie für die hoch effiziente Assemblierung von Genomen auf den Markt

News   •   Feb 14, 2013 10:17 CET

Nach erfolgreicher Einführung der Next Generation Sequencing basierten InView™ Applikationen, bringt GATC Biotech nun eine weitere Innovation aus der InView™ Reihe auf den Markt: In View™ De novo Genome. Die Kombination der PacBio RS mit der Roche GS FLX Technologie bei dieser Strategie, ermöglicht eine hochwertige Assemblierung und Analyse von unbekannten Genomen innerhalb weniger Wochen.

InView™ De novo Genome nutzt die Vorteile beider Next Generation Sequencing Technologien auf effiziente Weise. Die SMRT Technologie von PacBio RS liefert äußerst lange Leselängen, welche daraufhin unter Verwendung hoch präziser Roche GS FLX-Sequenzdaten bioinformatisch von Sequenzfehlern korrigiert werden. Die korrigierten Sequenzdaten des PacBio RS können daraufhin mit sehr geringer Fehlerrate assembliert werden. Ergebnis sind äußerst lange und akkurate Sequenzen. Diese innovative Strategie senkt den Zeit- und Kostenaufwand für die sonst übliche aufwendige und manuelle Nachbearbeitung der assemblierten Daten erheblich. InView™ De novo Genome ermöglicht dadurch einen wesentlich effizienteren Abschluss von Genomassemblierungs-Projekten.

“Durch die einmalige Kombination von außergewöhnlich langen Leselängen des PacBio RS mit genauesten Daten des GS FLX, gelingt es uns, wesentlich weniger und gleichzeitig deutlich längere Contigs zu generieren“, so Dr. Kerstin Stangier, Direktor Next Generation Sequencing bei GATC Biotech. “Die Bündelung der Vorteile beider Technologien führt zu einer akkuraten Analyse der Struktur, des genetischen Potenzials und Zusammensetzung eines Genoms. Gleichzeitig ist dieser Ansatz schneller und preiswerter.“

Die Aufklärung der vollständigen Genomsequenzen von Organismen ist in der Regel ein langwieriger und komplexer Prozess. Deshalb hat die Qualität der resultierenden assemblierten Daten entscheidenden Einfluss auf nachfolgende Sekundäranalysen, wie z.B. Genom-Annotationen. Diese neue Anwendung wird helfen, die genetische Grundlage für Phänotypen zu verstehen und neue Stoffwechselwege zu entdecken. Durch die Generierung von Genomsequenzdaten in Form von wenigen, langen Contigs bieten wir dafür hervorragende Ausgangsbedingungen. Zudem bestätigt die neue Anwendung auch, dass die technologiebedingte hohe Fehlerquote des PacBio RS keine Hürde mehr bei der Erstellung von hochwertigen Genomassemblierungen darstellt.

InView™ Applikationen von GATC Biotech vereinen stark rationalisierte Workflows mit hohen Qualitätsstandards, um unseren Kunden hochwertigste und bezahlbare Lösungen für Ihre Next Generation Sequencing Projekte anbieten zu können.

InView De novo Genome

Kommentare (0)

Kommentar hinzufügen

Kommentar