Gå direkt till innehåll

Pressmeddelande -

Jonas metoder skapar tunnelbanekarta över biologiska nätverk

Hur ska en dator arbeta för att kartlägga signalvägarna i en cell? Denna fråga sysselsätter forskaren Jonas Gamalielsson på Högskolan i Skövde. Hans metoder kan användas för att skapa tunnelbanekartor över biologiska nätverk.

Ord som gener och proteiner för tankarna till laboratorier och vita rockar. Men Jonas Gamalielsson är i grunden bioinformatiker och har sitt laboratorium i datorn. Hans forskning handlar om att ta fram den typ av systematiska beräkningsmetoder som datavetare kallar algoritmer. Dessa algoritmer används sedan för att kartlägga signalvägar i biologiska nätverk.

Tunnelbanekarta
- Det går att se biologiska nätverk som en tunnelbana där stationerna kan utgöras av gener och proteiner. Mellan generna och proteinerna löper spår i form av signalvägar. Det är just signalvägarna som jag har utvecklat metoder för att analysera. Man kan säga att jag försöker hitta metoder för att rita en tunnelbanekarta, förklarar Jonas.

Jonas arbete handlar primärt inte om att skapa ett färdigt datorprogram för biologer. Istället fokuserar han på de algoritmer som ett framtida datorprogram skulle kunna arbeta efter när biologiska nätverk ska kartläggas. Algoritmerna testas med hjälp av så kallade skriptprogram. Dessa program går snabbt atttillverka men kan vara svåra att använda för en biolog.

Tre metoder
Genom att studera biologiska nätverk kan vi till exempelbeskriva hur celler bildas, växer till och dör. Ett möjligt användningsområde för Jonas Gamalielssons metoder finns därför inom tumörbiologin. Där skulle analysmetoderna kunna användas för att kartlägga signalvägarna i cancerceller.

Totalt har Jonas Gamalielsson utvecklat tre olika metoder för att kartlägga signalvägar. Den första metoden tar reda på om nätverket är "biologiskt relevant". Det vill säga om det liknar något nätverk vi redan har studerat och känner till. Den andra metoden gör det möjlighet att jämföra två biologiska nätverk för att se om de har ett gemensamt ursprung. Det vill säga om nätverken har funnits hos samma arter men sedan blivit separerade genom evolution.

- Den tredje metoden gör det möjligt att ta lösa gener och proteiner och plocka samman ett möjligt biologiskt nätverk som liknar ett nätverk vi redan känner till, förklarar Jonas.

Nätverk av människor
Jonas försvarade sin doktorsavhandling i mitten av augusti, men någon semester efter disputationen blev det inte. Just nu undervisar han på kurser om operativsystem och programmering. Dessutom är han programansvarig för de datavetenskapliga magister- och masterprogrammen. Han ingår också i forskargruppen Software Systems vid Högskolans forskningscentrum för informationsteknologi.

- Även i Software Systems forskar jag runt nätverk. Men nu är det nätverk som består av människor snarare än gener och proteiner. Men som informatiker kan jag använda samma metoder för att studera signalvägarna mellan människor som jag gör för att studera signalvägarna i en cell, avslutar Jonas.

För ytterligare information kontakta Jonas Gamalielsson 0500-44 83 75

Ämnen

Kategorier

Regioner

Kontakter

Cecilia Renström

Cecilia Renström

Presskontakt Kommunikatör Presskontakt 0500 448031
Ulf Nylén

Ulf Nylén

Presskontakt Ledningskommunikatör Press- och kommunikationsfrågor som rör Högskolans rektor, prorektor och högskoledirektör 0500-44 80 61

Välkommen till Högskolan i Skövde!

Vi är en högskola med en öppen och välkomnande atmosfär, förstklassiga utbildningar och internationellt konkurrenskraftig forskning. En plats där vi gör framsteg, varje dag.