Skip to main content

Nu blir proteinforskning datorspel

Nyhet   •  Mar 09, 2016 22:45 CET

Enligt artiklar i The Wall Street Journal har människor spenderat nästan sex miljoner år i sammanlagd tid med att spela enbart War of Warcraft. Tänk om en liten del av den tiden kunde användas till forskning?
Emma Lundberg, forskare vid KTH och Scilifelab, vill satsa på detta. Tillsammans med Attila Szantner på Massively Multiplayer Online Science och isländska spelföretaget CCP har hon fört in proteinforskningen från Human Protein Atlas i spelsuccén Eve Online.

Artklarna i The Wall Street Journal har idag, 2015, några år på nacken. Nästan sex miljoner år har alltså blivit mer tid än så. Dator- och tv-spel fyller olika mänskliga behov och betraktas dessutom som utvecklande för intellektet.

Inte desto mindre kan ytterligare en nivå infogas; personlig utveckling och underhållning kan kompletteras med det som kallas Citizen science.Medborgarforskning på ren svenska.

Det anser i alla fall Emma Lundberg.

– Project Discovery kommer inom kort att släppas som en del i science fiction-spelet Eve Online som spelas av cirka en halv miljon människor. Vi tror på detta koncept, säger Emma Lundberg, biträdande universitetslektor och forskare vid KTH och Scilifelab.

Så här är det tänkt att fungera: I Project Discovery ska spelare känna igen mönster i mikroskopbilder av celler där olika proteiner färgats in. Spelarna ska göra detta genom att matcha utseendet av en bild mot liknande referensbilder. Målet är att spelarnas tolkning sedan kan ingå i Human Protein Atlas som har som mål att skapa en publikt tillgänglig databas med en karta över var alla människans proteiner är uttryckta.

– Vi hoppas att spelarna kan hjälpa oss göra denna karta så detaljerad som möjligt. I förlängningen vill vi att detta leder till en bättre förståelse för proteiner, cellernas uppbyggnad och människans biologi, säger Emma Lundberg.

Hon lägger till att Project Discovery börjar med så kallade subcellulära bilder som visar strukturer och detaljer i cellen. Om det fungerar bra kan forskarna och spelutvecklarna gå vidare med mer komplexa frågeställningar, exempelvis att karaktärisera proteiner i cancervävnad.

Arbetet fördelas mellan spelarna genom att en agent i Eve Online delar ut uppdraget att matcha proteinbilderna. Nej, det är ingen slump att agenten går under namnet professor Lundberg och har vissa likheter med Emma.

– Det finns flera hundratusen proteinbilder att matcha, så arbetsinsatsen är omfattande, säger Emma Lundberg.

Celler är uppbyggda av organeller med specialiserade funktioner. Om forskarna vet vilka organceller ett protein finns i, och hur de olika delarna är kopplade till varandra, kan man dra slutsatser om deras funktion i cellen. Det är därför proteinbilderna matchas med varandra.

medan detta är det första exemplet där forskning stoppas in i ett existerande spel och integreras med de grundläggande spelmekanismerna, säger Emma Lundberg.

Att koppla på ett sådant här moment i vanliga datorspel är ingen dum idé. Särskilt inte Eve Online där det finns långa transportsträckor. Det är inte ovanligt att vissa passager i spelet, där spelaren färdas över stora avstånd, tar en del tid i anspråk. Då kan spelaren samtidigt utföra uppdrag som de Project Discovery för att tjäna in poäng  som kan användas i den spelekonomi som finns där.

Datorspel med koppling till forskning är ingen helt ny företeelse. För två år sedan släpptes till exempel onlinespelet Foldit där spelarna tävlar i proteinveckning, den process som ger upphov till proteinets specifika tredimensionella form. Det är dock först nu som forskningen tar plats i befintliga, stora, populära spel där huvudsyftet är underhållning.

– Alla tidigare spel har varit så kallad "gamification" av forskning medan detta är det första exemplet där forskning stoppas in i ett existerande spel och integreras med de grundläggande spelmekanismerna, säger Emma Lundberg.

Hon menar att detta är en möjlighet för KTH och Scilifelab att lyckas med den tredje uppgiften. Att nå ut med forskningen på ett nytt sätt.

Detta sätt att jobba gör att forskarna också får insyn i skillnaden mellan att låta datorer stå för mönsterigenkänningen i förhållande till ett fåtal experter och ett par hundratusen icke-experter.

– Det blir ett intressant faktaunderlag om några tusentals människor klassificerar varje bild. Dessutom kan det finnas människor som hittar små, små mönster, som det stora flertalet inte alls ser. Och inte datorer eller experter heller, för den delen, säger Emma Lundberg.

Det är Attila Szantner på MMOS som utvecklat gränssnittet mellan proteinbilder å ena sidan, och Eve Online å den andra. CCP utvecklar spelet, och Emma Lundberg bidrar bland annat med innehållet i form av proteinbilder.

Läs mer om Project Discovery och Eve Online här: http://www.eveonline.com/discovery/

För mer information, kontakta Emma Lundberg på 08 - 524 81 468 eller emma.lundberg@scilifelab.se.