Antibodypedia - ​Nytt bedömningssystem för antikroppsvalidering

I fredags släpptes en ny version av Antibodypedia, en sökbar databas med antikroppar mot humana proteiner. Man har uppdaterat bedömningssystemet och även sättet man skickar in data, så att antikroppsproducenter och användare kan ladda upp sina data enligt de nya riktlinjer som föreslagits för utvärdering av hur antikroppar binder till målproteiner.

För att hjälpa forskare att välja antikroppar som ger reproducerbara vetenskapliga resultat har databasen Antibodypedia ( www.antibodypedia.com) uppdaterats för att inkludera data från nya riktlinjer för antikroppsvalidering.

En internationell arbetsgrupp har publicerat en artikel i Nature Methods¹, där man föreslår fem grundläggande strategier för utvärdering av antikroppar som används för biomedicinsk forskning. Antibodypedia har nu därför uppdaterat sättet man skickar in data på för att inkludera alla fem strategier. Målet är att kunna visa starka bevis på att en antikropp binder sitt målprotein på ett specifikt sätt. Detta ger forskare bra möjlighet att hitta pålitliga, specifika antikroppar.

Tove Alm är leder projektet, en fritt tillgänglig databas där forskare kan hitta och dela information om antikroppar som de använder i sin forskning. En specifik algoritm används för att bedöma och ranka antikropparna.

– Vi rankar antikroppar baserat på kunskap, säger Tove Alm. Ju mer information det finns om en antikropp, desto högre kommer dess rank att bli, förklarar hon. Vi välkomnar allt som förbättrar kunskapen om antikroppar som används inom forskningen, och därför är vi glad att kunna inkludera dessa nya riktlinjer i vår databas.

De fem strategierna är:

• Genetiska strategier. Målproteinet slås ut med hjälp av genetiska metoder.
• Ortologa strategier. En antikropps-oberoende metod används som jämförelse.
• Oberoende antikroppsstrategier. Flera antikroppar används och jämförs.
• Uttryck av märkta proteiner. Målproteinet märks och märkningen analyseras.
• Mass-spektrometri. Målproteinet fångas av en antikropp och analyseras.

I den nya versionen av Antibodypedia kan både producenter och användare ladda upp data som visar att de har använt en eller flera av dessa strategier för att validera sina antikroppar.

1) Uhlen, M., et al. (2016). A proposal for validation of antibodies. Nature Methods

Om Antibodypedia
Antibodypedia (www.antibodypedia.com) är en sökbar databas med antikroppar mot humana proteiner. Målet är att bestå forskningssamhället med information om specifika antikroppars effektivitet i olika tillämpningar – för att hjälpa forskare att välja rätt antikropp för rätt tillämpning.

Antibodypedias databas utvecklades ursprunglingen inom EUs sjätte ramprogram ”Proteome Binders” och projektet är del av the Human Antibody Initiative.

Antibodypedia innehåller information om offentligt tillgängliga antikroppar mot humana protein som genererats av akademiska eller kommersiella tillverkare. Databasen är organiserad på ett ”gene-centriskt” sätt för att ge användare en översikt av alla antikroppar som finns tillgängliga mot ett specifikt protein. Alla antikroppssidor länkar direkt till producenten för enkel tillgänglighet och användandet av databasen är gratis.

Kommersiella producenter uppmuntras att skicka in information om deras lager av antikroppar tillsammans med länkar till kvalitetskontrolldata. Oberoende användare kan skicka in sina egna experimentella data där de använt standardiserade valideringskriteria som utvecklats med hjälp av en internationell advisory board, rekryterad från akademiska forskningsinstitutioner. Användare kan även kommentera specifika antikroppar utan att skicka in valideringsdata.