​Hjälper biologer att förstå deras komplexa data

Chanaka Mannapperuma har utvecklat bioinformatikverktyg som hjälper biologer att analysera komplexa genomikdata. Hans mål har varit att skapa intuitiva, lättanvända verktyg som inte kräver specialiserad bioinformatikkunskap. Chanaka Mannapperuma försvarar sin doktorsavhandling vid Umeå universitet torsdag 11 juni.

När Chanaka Mannapperuma började arbeta på Umeå Plant Science Center, UPSC, 2010 som programmerare fanns det inte så många analysverktyg tillgängliga för växtbiologer att göra analyser på ett enkelt sätt. Chanaka har en utbildningsbakgrund i datavetenskap och interaktionsdesign, så detta var en bra möjlighet att tillämpa sina kunskaper för att skapa ett databassystem och verktyg. Eftersom de flesta biologer inte känner till så mycket om programmering, behövde de verktyg för att analysera sina data utan att lära sig att programmera själva. Idén om ett doktorandprojekt väcktes.

I sin avhandling har Chanaka Mannapperuma förbättrat utformningen av verktygen baserat på användarupplevelser och allmänna principer inom området human-datorinteraktion, HCI. Syftet var att studera hur användare interagerar med datorgränssnitt och hur man använder designprinciper och visualiseringstekniker för att förbättra användarens interaktion och göra användbara system.

HCI är ett tvärvetenskapligt fält som kombinerar design, datavetenskap, psykologi, antropologi, sociologi, ergonomi med mera.

– Den tvärvetenskapliga strategin hjälper oss att förstå hur vi uppfattar olika signaler, bearbetar och tolkar dem med hjälp av våra kognitiva förmågor och utvärderar resultatet. Detta är några av de viktigaste frågorna i HCI, och hela designprocessen hjälper oss att skapa användarvänliga verktyg, säger Chanaka Mannapperuma.

Designprocessen börjar med prototypen eller produktionsverktyget från föregående version. För att vara mer specifik börjar du med prototypen och använder sedan designprinciper och visualiseringstekniker för att omforma verktyget och använder heuristiska utvärderingsmetoder för att göra användbara verktyg med hjälp av användaråterkoppling. Användare förväntar sig en interaktivt engagerande och tilltalande upplevelse utöver det användbara verktyget. Enbart iteration av designprocessen kommer att göra bättre användarvänliga och användbara verktyg.

– Design, programmering och användarinteraktion är sammanbundna. Jag tycker om att arbeta med alla tre aspekter och hela designprocessen, framför allt för att ta fram användbara verktyg för biologer som de kan utforska för att få biologisk insikter.

Planerar du att fortsätta arbeta inom detta område?

– Mitt doktorsarbete var en trevlig upplevelse och jag tycker om att jobba med detta. Jag kan också se behovet av att designa användarcentrerade verktyg som hjälper biologer att göra sina analyser mycket lättare. Jag planerar att fortsätta arbeta på UPSC och förbättra resursen.

Läs hela avhandlingen

Pressfoton

Om disputationen:

Torsdag den 11 juni försvarar Chanaka Mannapperuma, Institutionen för fysiologisk botanic vid Umeå universitet, sin avhandling med titeln: Human-computer interaction principles for developing web-based genomics resources. Avhandlingen sands live via Zoom.

Disputationen äger rum i Stora hörsalen, KBC, KB3B1, klockan 9-13.

Fakultetsopponent är Marek Mutwil, the School of Biological Sciences, Nanyang Technological University, Singapore.

Handledare är Nathaniel Street, Instituionen för fysiologisk botanic, UPSC, och John Waterworth, Institutionen för informatik.

För mer information, kontakta gärna:

Chanaka Mannapperuma, Institutionen för fysiologisk botanik
Umeå Plant Science Centre, Umeå universitet
Telefon: 090-786 54 78
E-post: Chanaka.Mannapperuma@umu.se