Skip to main content

Alexandra Instituttet hjælper med at udvikle software til MR-scannere for det amerikanske sundhedsdepartement

Nyhed   •   Maj 08, 2017 09:51 CEST

Med udviklingen af open source projektet gadgetron skal Alexandra Instituttet lave et åbent framework, som forskere kan bruge til at udvikle billederekonstruktionalgoritmer. Softwaren kan bruges til at udvikle og teste nye teknikker, der gør det nemmere for patienten, lægen og radiografen at lave en MR-scanning.

Gadgetron hiver computeren ud af scanneren

Med gadgetron vil MR-scanneren blive brugt i mindre tid per patient, da billederne bliver beregnet hurtigere - via en computer andetsteds. Da denne computer er bedre, hurtigere og har nyere hardware, vil man også kunne få nye algoritmer til at fungere bedre.

I dag er computeren indbygget i selve MR-scanneren, og hvis den går i stykker, står scanneren stille indtil computeren kan udskiftes.

Bedre billeddata

Uafhængigheden mellem gadgetron og scanneren gør det også muligt at opnå en bedre kvalitet af billeddata. Softwaren tillader, at vælge blandt en større mængde billedrekonstruktionsalgoritmer, der kan bruges mere målrettet på det område man ønsker at analysere. Det gør, at man kan prøve lidt forskelligt på den rå data, og at der desuden blandt disse billedrekonstruktionsalgoritmer vil blive nogle, der er bedre end standarden.

Ved at tilbyde et væld af algoritmer, som er særligt gode til specifikke ting, kan man vælge en billedrekonstruktionsalgoritme, der giver en bedre kvalitet af billeddata, end en helt generel algoritme. Det normale er, at en MR-scanner anvender én generel billedrekonstruktionsalgoritme, men typisk vil resultatet blive optimeret, hvis der udvikles en algoritme, der udnytter særlige egenskaber i det objekt der ønskes rekonstrueret.

Nye algoritmer vil hurtig blive taget i brug

Hele strukturen i at udvikle softwaren uafhængigt af scannerne tillader også en større dynamik i MR-udviklingen. Det gør, at en ny algoritme hurtigere vil kunne tages i brug, end hvis den skulle leveres med scanneren. Derudover vil alle kunne bidrage i udviklingen af algoritmer, da gadgetron er open source.

Gemmer det rå data

En anden smart ting ved gadgetron er, at den gemmer det rå data. Optagelserne skal derfor ikke tages om i de tilfælde, hvor data var ok, men rekonstruktionen dårlig. Det rå data giver mulighed for at lave en komplet scanning igen - uden patienten er tilstede, og det giver også mulighed for, at forskerne kan prøve en ny metode senere.

Computeren skal kunne læse data

En MR-scanner er ligeledes bygget til, at det er mennesker, der skal kigge på de billeder den genererer. Alexandra Instituttet vil gerne have computeren til at aflæse data.

”Det er et område, man har opdaget giver god mening at arbejde med, fordi du har data, du skal behandle med software og algoritmer. Men i stedet for at lade lægen kigge på billeder, så kunne du lade computere kigge på billeder og hjælpe lægen i sin udvælgelse. Derved kan lægen nøjes med at kigge på fx 100 scanninger i stedet for 1000 scanninger”, udtaler Morten Pol Engell-Nørregård, Computer Graphics Engineer ved Alexandra Instituttet, og fortsætter, ”det er et område, hvor man vil kunne spare helt fantastisk mange ressourcer”.

Hvilken slags data er du?

For, at gadgetron softwaren kan bruges på så mange MR-scannere så muligt, skal det data som scannerne spytter ud lagres på samme måde. Der findes et hav af forskellige producenter af MR-scannere, som lagrer deres data forskelligt og taler deres eget ”data-sprog”. Det skal ISMRM Raw Data (ISMRMRD) hjælpe med. Det er en metode at lagre rå MR-data på og sikre en ens standard.

”Det ville med andre ord være godt for gadgetron, hvis alle MR-scannere snakker ISMRM Raw Data. Hvis man skal lave sådan noget, som det her, skal man snakke med de virksomheder, der laver MR-scannere, og lave en standard for måden vi lagrer data på. Det ville sikre, at vi kunne læse data fra så mange MR-scannere så muligt”, siger Katrine Hommelhoff Jensen, Senior Computer Vision Graphics Specialst ved Alexandra Instituttet og tilføjer, ”vi stræber efter at få gadgetron til at forstå alle eksisterende dataformater.”

Begge specialister er sat til at arbejde med udviklingen af Gadgetron og ISMRM Raw Data. Projektet vil potentielt blive til gavn for alle, der har og bruger en MR-scanner. Softwaren er open source og gratis.

Alexandra Instituttet har vundet et udbud ved National Institute of Health i USA på knap 1 million kr. for udvikling på Open Source softwaren Gadgetron og ISMRM Raw Data.

Kontakt

Katrine Hommelhoff Jensen - Senior Computer Vision Graphics Specialst ved Alexandra Instituttet

+45 26 28 27 98

katrine.hommelhoff@alexandra.dk

Morten Pol Engell-Nørregård - Computer Graphics Engineer ved Alexandra Instituttet

+45 93 50 85 64

morten.engell-norregard@alexandra.dk

Kommentarer (0)

Tilføj kommentar

Kommentar