Skövdestudent hjälper försvarsmakten att hitta virus

Med sitt examensarbete inom biologiskt försvar utvecklade studenten Kristoffer Sandås ett dataprogram åt Totalförsvarets forskningsinstitut. Programmet kan hjälpa försvaret att identifiera skadliga virus och bakterier i till exempel vattendrag eller hos människor.

Kristoffer Sandås läser molekylär bioinformatik på Högskolan i Skövde. Ett program som gett honom möjlighet att fördjupa sig i många av hans intressen.

– Jag är väldigt spretig i mina intressen och bioinformatik kombinerade många saker jag ville lära mig mer om. Biologi, genitik, programmering, matematik och statistik, säger Kristoffer Sandås.

Han beskriver programmet som väldigt brett och att man får prova på många olika områden, vilket öppnar många dörrar. Just den här mixen av kunskap i flera olika ämnen kom väl till pass när han gjorde sitt examensarbete på Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI).

– Jag hade användning av jättemycket av det jag lärt mig på Högskolan. Även om jag inte alltid kom ihåg allt så visste jag i stora drag vad det handlade om och kunde börja leta på rätt ställe så att säga, säger Kristoffer Sandås.

Identifierar skadliga bakterier och virus

I sitt arbete har Kristoffer utvecklat ett program som visuliserar vilka bakterier eller andra organismer som finns i ett prov. Proverna kan vara från miljön som till exempel ett vattendrag eller komma från människor.

– Programmet kan fokusera på specifika arter. Dessa går att bestämma fritt beroende på vad man vill studera. Funktionen kan användas för att identifiera skadliga bakterier eller virus, vilket var en viktig aspekt eftersom jag gjorde mitt arbete inom biologiskt försvar på FOI, säger Kristoffer Sandås.

Han förklarar att man matar in ett DNA-prov i ett nyligen utvecklat instrument som heter Oxford Nanopore MinION. Instrumentet läser av molekylerna som DNAt består av och skapar filer som man kan studera vidare i en dator. Det program som Kristoffer har utvecklat kan kopplas till en MinION och tolkar resultaten visuellt och man kan då till exempel se vilka arter som kan tänkas finnas i ett prov

Kombination av kunskap inom biologi och programmering

För att lyckas med detta krävdes det både biologisk kunskap och färdigheter inom programmering. Och den kombinationen vill Kristoffer arbeta vidare på. Nu väntar ytterligare studier på Högskolan för Kristoffer, efter det beror det på vilka möjligheter som dyker upp.

– Jag funderar på att doktorera, beroende på typen av projekt och allmän livssituation. Jag kommer definitivt att fortsätta med kombinationen biologi och datorer på ett eller annat sätt, säger Kristoffer Sandås.

Kontakt

Kristoffer Sandås
b19krisa@student.his.se