Modern teknik ger bättre koll på harpest

Riskområden för harpestsmitta kan ringas in genom patientintervjuer i kombination med GPS-baserad kartläggning, visar Kerstin Svensson i den avhandling hon försvarar vid Umeå universitet den 5 juni.

Människor kan drabbas av den allvarliga infektionssjukdomen harpest (tularemi) när de vistas i områden som är gynnsamma för harpestbakterien och där mygg eller infekterade djur kan överföra smittan. Dessa områden brukar normalt inte kartläggas i detalj, vilket gör det svårt för människor att skydda sig mot smittan genom att t.ex. använda myggmedel, bära täckande kläder och undvika kontakt med sjuka djur.

Med hjälp av egenutvecklad modern DNA-teknik ger avhandlingen en djupare förståelse för hur olika bakteriestammar är släkt med varandra och hur de olika varianterna fördelar sig i två studerade orter: Ljusdal i Hälsingland och Örebro i Närke. Denna kunskap kan användas för att förstå hur bakterien sprids och ändrar sin arvsmassa för att anpassa sig till nya förutsättningar.

Harpest finns över hela norra halvklotet och orsakas av bakterien Francisella tularensis. Hur allvarlig sjukdomen blir beror på vilken variant av bakterien som orsakar infektionen. I Sverige och andra europeiska länder orsakas sjukdomen av varianten holarctica medan andra varianter förkommer i Asien och Nordamerika. Det är viktigt att omgående kunna identifiera en harpestinfektion för att snabbt kunna inleda behandling med antibiotika. En snabb genetisk identifiering av den sjukdomsorsakande bakterievarianten kan ge viktig information för vården. Kerstin Svensson har deltagit i arbetet med att bestämma den första kompletta DNA-sekvensen för ett harpestbakterieisolat (publicerad i Nature Genetics 2005) och sedan dess har ytterligare ett drygt 20-tal olika Francisella-varianter kunnat beskrivas. I avhandlingen har hon använt DNA-sekvenser för att identifiera genetiska skillnader (mutationer). Om man samtidigt analyserar flera mutationer får man en unik identitet, ett "fingeravtryck", för bakterieisolatet som kan användas för att spåra dess ursprung och släktskap.

Utöver nya analysmetoder beskriver avhandlingen en ny strategi för bättre epidemiologiska undersökningar av harpest. Genom att kombinera de smittplatser som harpestpatienterna själva angav med en detaljerad genetisk karaktärisering av de bakterier som kunde isoleras från dem blev det möjligt att fördjupa förståelsen av sjukdomens spridning. Den geografiska utbredningen av bakteriens genetiska undergrupper var mycket begränsad under utbrott av sjukdomen i de studerade orterna Ljusdal och Örebro. Smittplatserna för några undergrupper var begränsade till ett område på två kvadratkilometer, vilket tyder på att det finns en tydlig lokal epidemiologi för harpest där smittkällorna är små och väl åtskilda.

Kerstin Svensson är uppvuxen i Tännäs i västra Härjedalen och flyttade 1996 till Umeå där hon 2002 tog civilingenjörsexamen i teknisk biologi. Sedan dess har hon arbetat som bioinformatiker vid Totalförsvarets forskningsinstitut (FOI) i Umeå, avdelningen för CBRN-skydd och säkerhet, där hon kan nås på tel. 090-10 68 44,
mobil 070-6352598, e-post: kerstin.svensson@foi.se

Fredagen den 5 juni försvarar Kerstin Svensson, Inst. för klinisk mikrobiologi, Umeå universitet, sin avhandling med titeln Genetic genealogy and epidemiology of Francisella. Svensk titel: Genealogiska och epidemiologiska studier av Francisella.
Disputationen äger rum kl. 13.00 i Sal 933, by. 3A, NUS.
Fakultetsopponent är Ass. Prof. Sam R. Telford III, Cummings School of Veterinary Medicine, Tufts University, USA.

Läs hela eller delar av avhandlingen på
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-22452