Bull-IT: Moderne genetikk og store datamengder gir deg bedre melk og kjøtt og bonden oppdatert kunnskap om kua si.

Geno lanserer nå et nytt stort, automatisert bio-it-system som heretter kontinuerlig skal beregne avlsverdien på NRF-kyr i Norge. Viktige egenskaper som melk- og kjøttproduksjon, fruktbarhet og helse er i en kontinuerlig og dynamisk forbedring. Hastigheten i avlen og farten på forbedringene dobles!

Prosjektleder Anne Guro Larsgard forteller at det er jobbet med dette prosjektet i 1, 5 år. – Dette er det første prosjektet vårt der vi kombinerer IT og biologi-kunnskaper så tett, og vi kaller det Geno sitt største Bio-IT-prosjekt hittil, sier hun. Anne Guro Larsgard er selv genetiker med en doktorgrad innen genetikk og husdyravl.

–Geno har mye data og vi har tradisjon for å utnytte dataene også, forteller Sverre Bjørnstad, adm.dir. i Geno, – Gjennom Bull-IT kombinerer vi det ypperste av kompetanse innen genomisk seleksjon, tradisjonell avl og moderne dataverktøy og utnytter BigData til forbedring av avlsarbeidet Her er all informasjon om kyr, okser og kalver organisert inn i nye databaser, inklusiv de historiske dataene, forteller prosjektleder Anne Guro Larsgard. – Over 12 millioner ulike individ er med i databasen med mange registreringer på hvert dyr. I alt 98 ulike egenskaper beregnes og registreres. – Her kan slektskap og verdier beregnes på kryss og tvers. All informasjon om dyra blir mye mer tilgjengelig og forskerne får muligheter de ikke hadde før med dette verktøyet som vi har kalt Bull-IT, sier hun. – Vi har modernisert måten å beregne avlsverdien på enkeltdyra på og dataene er strukturert og organisert i moderne databaser. – Det forskerne tidligere brukte flere uker på, gjør nå maskinene i en jobb over natta, forteller Anne Guro. - Vi kan levere kontinuerlig og oppdatert kunnskap om hvert enkelt NRF-dyr ute hos hver enkelt bonde så ofte som ønskelig, sier hun, – og vi har valgt å gjøre dette felles for hele landet hver tredje uke fra midten av februar. Oppdatert informasjon finnes i Husdyrkontrollen i Tine og i oksekatalogen på web.

For avlsarbeidet er Bull-It viktig fordi vi enda bedre og mer nøyaktig enn tidligere kan velge ut de aller beste kalvene for innkjøp til bruk i avlen, sier Sverre Bjørnstad i Geno. I tillegg tar vi med oss verdifull informasjon helt tilbake fra 1970-tallet og fram til i dag der vi så langt har genomiske analyser på ca 18.500dyr og flere skal det bli. Dette er viktig for videreutvikling av avlsarbeidet på NRF og for å kunne konkurrere i verdenstoppen, avlsutter Bjørnstad.

Dashboardet for automatisert avlsverdivurdering vises av Robert Ofstad, IT-utvikler hos Geno.

Nedenfor følger noen mer detaljerte fakta om

NYTT SYSTEM OG NYE RUTINER FOR AVLSVERDIBEREGNINGEN PÅ NRF

Kalvekjøpet er blitt enda viktigere enn før

Med dagens system med bruk av genomisk testa okser, har betydning av kalvekjøpet blitt mye viktigere. Tidligere ble det kjøpt 300-400 kalver hvert år, og kun 10-12 av disse ble eliteokser basert på avkomsgransking. I dag kjøper vi kun 145 kalver per år basert på genotypeinformasjon, og minst 50 av disse blir eliteokser. Det å lykkes med å kjøpe de beste kalvene, er derfor helt avgjørende for den avlsmessige framgangen. Det er derfor blitt særdeles viktig å bruke den beste metodikken for å rangere seminokseemner i forbindelse med kalvekjøpet. Behovet for å beregne komplette avlsverdier har derfor nå økt fra tre ganger per år til minimum hver tredje uke.

Ferske avlsverdier på alle dyr hver 3. uke

Geno har det siste året jobbet med å rigge et system for å beregne avlsverdier på en automatisert og betydelig mer effektiv måte enn det som har blitt gjort tidligere. Omleggingen har vært nødvendig for å kunne gjennomføre fullstendige beregninger til hvert kalvekjøp. Fra februar 2017, vil det bli beregnet nye avlsverdier på alle NRF-dyr hver 3. uke. Disse vil bli brukt for å velge ut nye seminoksekandidater som er genotypet etter forrige kjøring. I tillegg vil det bli presentert oppdaterte verdier på alle NRF-okser i oksekatalogen på nett, samt på alle aktive NRF-hodyr i Kukontrollen (og på de som er utrangert for mindre enn 5 år siden).

Papirversjonen av oksekatalogen vil bli produsert i 2017 også. På grunn av at oksekatalogen på web blir oppdatert med nye verdier for NRF-oksene, vil det ikke være helt samsvar mellom det som står i papirkatalogen og det som vises i webkatalogen. Det vil hele tiden være webkatalogen som har de ferskeste avlsverdiene og indeksene for NRF.

Økt kvalitet på avlsverdiene på kyr

Fram til nå har avlsverdien på kyr blitt beregnet ut fra far og morfar sin avlsverdi. Ved overgang til dyremodell for alle egenskaper, får kua nå beregnet sin egen indeks basert på egne prestasjoner og prestasjoner til slektninger (mor, mormor, farmor, halvsøstre, «gammeltanter» osv). Dette gjelder for alle egenskaper som det også beregnes indekser på for oksene. Dyremodell løsningene ble tatt i bruk i februar, og det er årsaken til at det da var en større endring i avlsverdiene på kyr enn det vi er vant til. Dersom kua eller kua sine slektninger er genotypet, vil denne informasjonen også inngå i beregningen, og øke sikkerheten betydelig. For slike dyr, vil en se en større endring i avlsverdi, enn for kyr som ikke er genotypet.

Kua vil etter hvert få presentert alle indeksene sine i Kukontrollen. Dersom kua har egen genotypeinformasjon inkludert i beregningen, vil dette markeres i dyrelista. Tilsvarende vil disse nye verdiene bli vist og tatt i bruk i Geno Avlsplan.

God kvalitet og høy sikkerhet på kuavlsverdier er viktig for avlsarbeidet både for å sikre utlisting av de beste seminokseemner og for å ha grunnlag for å planlegge framtidas avlsdyr. Det betyr at dette er en endring som også har positiv effekt på den avlsmessige framgang. Når vi etter hvert skal rekruttere oksemødre for embryoproduksjon av seminokseemner, vil betydningen av en sikker avlsverdi på kyrne bli enda større.

Effektive beregninger

Mens det fram til nå har vært en relativt manuell jobb å beregne avlsverdier, er dette nå i stor grad automatisert gjennom moderne teknologiske muligheter. En komplett avlsverdiberegning for alle dyr og for alle egenskaper, tar nå totalt 9 timer. I disse beregningene inngår det da per dags dato genotypeinformasjon på omkring 19.000 dyr (seminokser, seminoksekandidater og kyr), og fenotypeopplysninger på 3-4 millioner ulike kyr. Metodikken som brukes er den beste tilgjengelige, ved at den utnytter fenotype- og genotypedata simultant (et-stegs metoden).

Kontinuerlig forbedring av kvaliteten og sikkerheten på avlsverdiene

Målet med avlsverdiene er å kunne rangere dyr ut fra avlsmessig kvalitet, basert på hvordan dyret sjøl og/eller dyrets slektninger presterer. Kunsten er å klare å skille variasjon som oppstår på grunn av fóring, stell og andre miljømessige faktorer, fra den variasjonen som styres av genetikken. Dette løses gjennom gode statistiske modeller. I avlsberegningssammenheng er dette et område for kontinuerlig forbedring. Desto mindre direkte informasjon det finnes om et dyr, desto mer følsomt vil avlsverdien til dyret være i forhold til modellen. Med avkomsgranska okser var avlsverdien betydelig mer robust i forhold til hvor god modellen var. For unge okser uten avkom og for kyr er avlsverdiene langt mer følsomme for dette. Det betyr at utvikling av gode modeller i avlsverdivurderingen vil være et viktig innsatsområde for Geno framover.

Disse endringen vil øke avlsframgangen betydelig. Dette vil skje gjennom:

• Enda bedre utvalg av seminokseemne og høyere kvalitet på eliteokser
• Best mulig utvalg av oksemødre. Dette blir enda viktigere med bruk av færre oksemødre og bruk av embryoteknikk.
• Bedre kvalitet på indekser for alle egenskaper på kyr og dermed bedre grunnlag for god avlsplanlegging.