Nytt tallknusingssystem gir bedre genetikk

Geno har rigget et automatisert beregningssystem for å kunne oppdatere avlsverdiene på NRF kontinuerlig. Dette er nå vitenskapelig dokumentert og anerkjent gjennom en artikkel i det internasjonale forskningstidsskriftet GSE. 

Helt siden 1970- tallet har det vært registrert og benyttet komplekse data i avlsarbeidet for NRF (Norsk Rødt Fe). Geno har rigget et nytt automatisert beregningssystem for å kunne oppdatere avlsverdiene på NRF kontinuerlig. Dette har gjort at bøndene kan ta gode valg for sin egen besetning til enhver tid i tillegg til at den årlige genetiske framgangen for NRF har doblet seg.

BullIT-prosjektet hadde en kostnadsramme på 14,26 mill. Geno fikk halvparten dekket av Norsk Forskningsråd. Resten finansierte Geno selv med egne forskere, IT-utviklere og DNA-prøver.

Økt lønnsomhet og konkurranseevne

Verktøyene vi har utviklet har krevd nyutvikling på IT-siden. Dette gjør at vi nå systematisk kan oppdatere avlsverdiene på alle kyr i Norge jevnlig. Dette har gitt økt lønnsomhet og konkurranseevne for NRF-avlen. Bonden kan dermed finne den beste og nyeste NRF- oksen som egner seg for kua. Verktøyet vi benytter kalles BullIT og kan levere kontinuerlig og oppdatert kunnskap om hvert enkelt NRF- dyr ute hos hver eneste bonde så ofte som ønskelig.

Avlsverdier beregnes for å beskrive det genetiske potensialet for dyrene. Disse brukes til å velge hvilke dyr som skal bli foreldre til neste generasjon. Ved å bruke genotypedata øker presisjonen på avlsverdiene. Dette gjør at det blir en bedre sammenheng mellom avlsverdien og dyrets prestasjoner på fjøsgulvet, i form av for eksempel melkeproduksjon og fruktbarhet.

Du kan lese mer om hva genotyping er her

Alle beregninger i ett steg

Geno var svært tidlig ute med å benytte seg av såkalt ett-stegs genomisk seleksjon, der man benytter seg av all data, både genotyper, slektskapsinformasjon og dataregistreringer fra bønder, inseminører, veterinærer, meieri, rådgivere og slakteri inn i ei og samme avlsverdiberegning. Dette gir svært god presisjon på avlsverdiene, men å være først ute med denne teknologien har gitt Geno noen utfordringer.

Et problem var at genotypene ofte hadde en del «støy», både i form av at en del genetiske markører hadde manglende data og noen markører hadde en større feilrate. I tillegg ble historiske og nye dyr genotypet med ulik teknologi, og dette ga gradvis nivåforskjell på avlsverdier imellom grupper av dyr.

Vinteren 2017-18 ble mange nye genotyper tatt inn i beregningen av avlsverdier for NRF, og dyras avlsverdi økte svært ofte når de ble genotypet.

– Vi fikk etter hvert systematiske feil i avlsverdiene, der unge genotypede dyr fikk svært høye avlsverdier. Etter mye prøving og feiling fant vi ut at grundig datavask av genotypene og innfylling av genotyper der det var manglende data kunne løse den systematiske feilen, sier Øyvind Nordbø, avlsforsker hos Geno SA.

​​

Du kan lese mer om ett-stegs genomisk seleksjon her

Vitenskapelig dokumentert

Dette har nå blitt vitenskapelig dokumentert gjennom en artikkel i det internasjonale forskningstidsskriftet GSE (Genetic Selection Evolution). Veien fram dit vi er nå har gitt oss erfaringer og kunnskap som det er viktig å få dokumentert, slik at andre avlsorganisasjoner og forskere slipper å gjøre den samme feilen. Geno genotyper 30.000 dyr i året, og benytter dataen til å avle fram de friskeste, mest holdbare og effektive dyra for norsk melkeproduksjon. 

Les den vitenskapelige artikkelen i GSE her

Du kan også lese om saken på Genos nettsider her