Tungcancer studeras med gamla prover

Tungcancer och användandet av formalinfixerade arkivprover i sökandet efter nya biomarkörer för att upptäcka och följa tumörer ligger i fokus för den avhandling som Matilda Rentoft försvarar vid Umeå universitet den 4 maj.

Tungcancer tillhör en mångskiftande familj av tumörer som alla uppkommer i huvud- och halsregionen. De drabbar främst äldre storrökare, men just vad gäller tungtumörer har man under de senaste årtiondena också sett en ökning av antalet fall bland vuxna under 40 år. Dessa patienter har ofta inte utsatts för de traditionella riskfaktorerna, rökning och alkoholmissbruk - åtminstone inte lika mycket som de äldre. Vissa av de unga verkar också få en mycket aggressiv form av tungcancer.

Trots förbättringar i kirurgi och strålbehandling de senaste årtiondena har femårsöverlevnaden (ca 50 %) inte förbättrats nämnvärt. En av orsakerna är att dessa tumörer ofta upptäcks i ett sent stadium när tumören redan hunnit sprida sig till lymfkörtlarna på halsen. Det har lett till ett intensivt sökande efter biologiska markörer, biomarkörer, som kan hjälpa till att hitta tumörerna tidigt och även förutsäga hur aggressiva de är. Moderna metoder för att titta på alla gener eller proteiner som är uttryckta vid ett givet tillfälle har varit revolutionerande för den här typen av studier. Trots att ganska många biomarkörer har föreslagits har emellertid få nått kliniken. En av orsakerna är att antalet tillgängliga patientprover för analys i många fall är lågt, vilket kan ge motstridiga resultat i olika studier.

Möjligheten att använda arkiverade formalinfixerade prover i dessa analyser skulle vara värdefull. Detta är prover som tas rutinmässigt för diagnos av sjukdomen, fixeras i formalin och lagras i biobanker, som idag har samlat miljontals prover jorden över. Formalinet påverkar dock både DNA och RNA i proverna negativt, vilket tidigare har förhindrat analyser på dem. I avhandlingen granskas i detalj hur genuttrycket påverkas av formalinfixeringen och utifrån resultatet ges riktlinjer för hur studier på dessa prover bör utformas för att bli rättvisande. Med hjälp av dessa riktlinjer och en ny normaliseringsmodell presenteras i avhandlingen en lista på gener med förändrat uttryck i tungtumörer.

Användandet av formalinfixerade prover kan förenkla det fortsatta sökandet efter nya biomarkörer, och resultaten från avhandlingen bidrar till att öka relevansen av den information man får ut av dessa prover. Vidare studier av den kliniska relevansen av de för tungcancer intressanta gener som identifierats pågår i forskargruppen.

Matilda Rentoft är doktorand vid Institutionen för Medicinsk biovetenskap, Umeå universitet, och verksam vid avdelningen för patologi, där hon kan nås på
tel. 090-785 27 87
mobil 0730463404
e-post matilda.rentoft@medbio.umu.se

Fredagen den 4 maj försvarar Matilda Rentoft, Institutionen för medicinsk biovetenskap, Umeå universitet, sin avhandling med den svenska titeln Användandet av formalinfixerad parafininbäddad vävnad och global gen-expression-analys för ökad förståelse av skivepitelcancer i tungan (Engelsk titel: The use of formalin fixed paraffin embedded tissue and global gene expression profiling for increased understanding of squamous cell carcinoma of the tongue).
Disputationen äger rum kl. 09.00 i sal Betula, NUS.
Fakultetsopponent är professor Michael B. Prystowsky, Albert Einstein College of Medicine, New York, USA.

Läs hela eller delar av avhandlingen på
urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-54005