Gå direkt till innehåll
Chanaka Mannapperuma har tagit fram användarvänliga bioinformatikverktyg för växtbiologer. Bild: Chanaka Mannapperuma
Chanaka Mannapperuma har tagit fram användarvänliga bioinformatikverktyg för växtbiologer. Bild: Chanaka Mannapperuma

Pressmeddelande -

​Hjälper biologer att förstå deras komplexa data

Chanaka Mannapperuma har utvecklat bioinformatikverktyg som hjälper biologer att analysera komplexa genomikdata. Hans mål har varit att skapa intuitiva, lättanvända verktyg som inte kräver specialiserad bioinformatikkunskap. Chanaka Mannapperuma försvarar sin doktorsavhandling vid Umeå universitet torsdag 11 juni.

När Chanaka Mannapperuma började arbeta på Umeå Plant Science Center, UPSC, 2010 som programmerare fanns det inte så många analysverktyg tillgängliga för växtbiologer att göra analyser på ett enkelt sätt. Chanaka har en utbildningsbakgrund i datavetenskap och interaktionsdesign, så detta var en bra möjlighet att tillämpa sina kunskaper för att skapa ett databassystem och verktyg. Eftersom de flesta biologer inte känner till så mycket om programmering, behövde de verktyg för att analysera sina data utan att lära sig att programmera själva. Idén om ett doktorandprojekt väcktes.

I sin avhandling har Chanaka Mannapperuma förbättrat utformningen av verktygen baserat på användarupplevelser och allmänna principer inom området human-datorinteraktion, HCI. Syftet var att studera hur användare interagerar med datorgränssnitt och hur man använder designprinciper och visualiseringstekniker för att förbättra användarens interaktion och göra användbara system.

HCI är ett tvärvetenskapligt fält som kombinerar design, datavetenskap, psykologi, antropologi, sociologi, ergonomi med mera.

– Den tvärvetenskapliga strategin hjälper oss att förstå hur vi uppfattar olika signaler, bearbetar och tolkar dem med hjälp av våra kognitiva förmågor och utvärderar resultatet. Detta är några av de viktigaste frågorna i HCI, och hela designprocessen hjälper oss att skapa användarvänliga verktyg, säger Chanaka Mannapperuma.

Designprocessen börjar med prototypen eller produktionsverktyget från föregående version. För att vara mer specifik börjar du med prototypen och använder sedan designprinciper och visualiseringstekniker för att omforma verktyget och använder heuristiska utvärderingsmetoder för att göra användbara verktyg med hjälp av användaråterkoppling. Användare förväntar sig en interaktivt engagerande och tilltalande upplevelse utöver det användbara verktyget. Enbart iteration av designprocessen kommer att göra bättre användarvänliga och användbara verktyg.

– Design, programmering och användarinteraktion är sammanbundna. Jag tycker om att arbeta med alla tre aspekter och hela designprocessen, framför allt för att ta fram användbara verktyg för biologer som de kan utforska för att få biologisk insikter.

Planerar du att fortsätta arbeta inom detta område?

– Mitt doktorsarbete var en trevlig upplevelse och jag tycker om att jobba med detta. Jag kan också se behovet av att designa användarcentrerade verktyg som hjälper biologer att göra sina analyser mycket lättare. Jag planerar att fortsätta arbeta på UPSC och förbättra resursen.

Läs hela avhandlingen

Pressfoton

Om disputationen:

Torsdag den 11 juni försvarar Chanaka Mannapperuma, Institutionen för fysiologisk botanic vid Umeå universitet, sin avhandling med titeln: Human-computer interaction principles for developing web-based genomics resources. Avhandlingen sands live via Zoom.

Disputationen äger rum i Stora hörsalen, KBC, KB3B1, klockan 9-13.

Fakultetsopponent är Marek Mutwil, the School of Biological Sciences, Nanyang Technological University, Singapore.

Handledare är Nathaniel Street, Instituionen för fysiologisk botanic, UPSC, och John Waterworth, Institutionen för informatik.

För mer information, kontakta gärna:

Chanaka Mannapperuma, Institutionen för fysiologisk botanik
Umeå Plant Science Centre, Umeå universitet
Telefon: 090-786 54 78
E-post: Chanaka.Mannapperuma@umu.se

Ämnen

Taggar

Regioner


Umeå universitet
Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med drygt 33 000 studenter och 4 000 anställda. Här finns internationellt väletablerad forskning och en stor mångfald av utbildningar. Vårt campus utgör en inspirerande miljö som inbjuder till gränsöverskridande möten – mellan studenter, forskare, lärare och externa parter. Genom samverkan med andra samhällsaktörer bidrar vi till utveckling och stärker kvaliteten i forskning och utbildning.

Presskontakt

Ingrid Söderbergh

Ingrid Söderbergh

Kommunikatör Teknisk-naturvetenskaplig fakultet 070-60 40 334

Umeå universitet

Med omkring 36 000 studenter och 4 000 anställda är Umeå universitet ett av Sveriges största lärosäten. Här finns en mångfald av utbildningar och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden. Umeå universitet är också platsen för den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 – en revolution inom gentekniken som år 2020 tilldelades Nobelpriset i kemi.

Med drygt 50 år på nacken präglas Umeå universitet av såväl tradition och stabilitet som förändring och nytänkande. Här bedrivs utbildning och forskning på hög internationell nivå som bidrar till ny kunskap av global betydelse, där hållbarhetsmålen i Agenda 2030 utgör drivkraft och inspiration. Här finns kreativa och nytänkande miljöer som tar sig an samhällets framtidsutmaningar, och genom djupa och långsiktiga samarbeten med organisationer, näringsliv och andra lärosäten fortsätter Umeå universitet att utveckla norra Sverige som kunskapsregion.

Universitetets internationella atmosfär och våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som främjar en dynamisk och öppen kultur där studenter och anställda gläds åt varandras framgångar.

Umeå campus och Konstnärligt campus ligger nära Umeås centrum och intill ett av Sveriges största och mest välrenommerade universitetssjukhus. Campus finns även i Skellefteå och Örnsköldsvik.

Vid Umeå universitet finns den högt rankade Designhögskolan, den miljöcertifierade Handelshögskolan och landets enda arkitekthögskola med konstnärlig inriktning. Här finns också Bildmuseet och Umeås science center, Curiosum. Umeå universitet är dessutom ett av Sveriges fem riksidrottsuniversitet och har ett internationellt ledande arktiskt centrum.