Ny metod som läser den genetiska koden direkt i tumörvävnad kan leda till bättre cancerbehandling

Korrekta diagnosmetoder är avgörande när man ska välja rätt behandling för cancerpatienter. Forskare från Stockholms universitet och Uppsala universitet arbetar därför ständigt med att förbättra metoderna för analys av cancervävnader. För första gången är det nu möjligt att läsa den genetiska koden hos enskilda cancerceller på deras ursprungliga plats i vävnaden. Resultaten publiceras i Nature Methods.

Omkring 30-40 procent av Europas befolkning kommer under sin livstid att få diagnosen cancer. I och med nya avancerade metoder för analys av protein, DNA och RNA i vävnads- eller blodprover från patienter har vi gått in i en ny era av personlig medicin. Personlig medicin när den är som bäst kommer att ge rätt läkemedel i rätt dos till rätt patient, och därmed minimera onödigt lidande och öka svaret på behandling. Detta kräver sofistikerade diagnosmetoder.

Forskningsgruppen, under ledning av Mats Nilsson, professor i biokemi/molekylär diagnostik vid Stockholms universitet, har sedan början av år 2000 arbetat med att utveckla nya diagnosmetoder som grundar sig på analys av genetisk information (DNA och RNA) i celler och kroppsvätskor. Under denna tid har det skett en snabb utveckling av DNA-sekvenseringsteknik, vilket har revolutionerat den storskaliga biologiforskningen.

– Vi har nu visat att man kan använda DNA sekvensering direkt i vävnadsproven för att läsa den genetiska koden och erhålla information om specifika RNA-molekyler i enskilda celler på deras ursprungliga plats i vävnaden. Det här är första gången sådan in situ-sekvensering har utförts, och det har uppenbara fördelar, säger Mats Nilsson.

Genom in situ-sekvensering kan RNA-uttryck i såväl tumörcellerna som de omgivande stromacellerna analyseras. Man vet att det inte bara är tumörcellerna som har betydelse för tillväxten av cancer, utan även hur de samspelar med de celler som omger cancercellerna. Befintliga metoder har inte kunnat lösa denna komplexitet i vävnaderna.

– Kombinationen av den detaljerade informationen från befintliga metoder för analys av enskilda celler och vår in situ-sekvenseringsmetod kan vara kraftfull och till stor användning inom både forskning och diagnostik, säger Mats Nilsson.

Metoden som utvecklats av Mats Nilsson och de andra forskarna vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) använder sig av sekvensering för att studera ett flertal olika markörer och mutationer samtidigt. Här analyseras 39 olika RNA-molekyler i samma vävnad och ger en mer komplett bild än de mödosamma standardmetoder som används av patologer idag.

Publikation
In situ sequencing for RNA analysis in preserved tissue and cells. Ke, R., Mignardi, M., Pacureanu, A., Svedlund, J., Botling, J., Wählby, C. and Nilsson, M. Nature Methods.

För ytterligare information kontakta
Mats Nilsson, Professor i Biokemi/Molekylär diagnostik, Stockholms universitet och Science for Life Laboratory, mobil 0730-53 78 76, e-post mats.nilsson@scilifelab.se

Science for Life Laboratory är en gemensam satsning mellan fyra svenska universitet: Karolinska institutet, KTH, Stockholms universitet och Uppsala universitet. Centret kombinerar avancerad teknologi med breda kunskaper inom translationell medicin och molekylär biovetenskap. SciLifeLab är en ny nationell strategisk satsning på forskning inom biovetenskap som kräver storskalig och specialiserad infrastruktur. SciLifeLab har som målsättning att bli ett av världens ledande forskningscentra inom områdena hälsa och miljö.
www.scilifelab.se