Ömsesidiga beroenden vid uppbyggnad av mediatorkomplexet

Tre av mediatorkomplexets subenheter är ömsesidigt beroende av varandra för att kunna veckas rätt och därmed inta sin rätta form. Det visar Zaki Shaikhibrahim i den avhandling han försvarar vid Umeå universitet den 12 januari.

Mediatorkomplexet upptäcktes ursprungligen i jästarten Saccharomyces cerevisiae och har därefter visat sig vara nödvändigt för reglering av transkription, den process där cellkärnans DNA översätts till RNA. RNA transporteras sedan ut ur kärnan för att översättas till proteiner, en process som kallas translation. Mediatorkomplexet (mediatorn) stimulerar basal transkription och fungerar som en brygga genom att transportera signaler som reglerartranskriptionen till RNA-polymeras II, det enzym som utför själva översättningen. Mediatorn består av 21 subenheter som kan indelas i tre separata delar – huvud, mitt och svans.

Trots den oerhörda utvecklingen hittills för att kartlägga mediatorn, både funktionellt och strukturellt, är vår förståelse av många aspekter av komplexet fortfarande inte stor. Syftet med Zaki Shaikhibrahims avhandling är att öka kunskaperna om mediatorn genom att studera veckningen av olika subenheter, deras interaktioner och hur det påverkar hopsättningen av komplexet.

I den första studien framställer forskargruppen en temperaturkänslig med21-mutant av Saccharomyces cerevisiae som används för att identifiera gener som i höga koncentrationer kan minska mutationsfrekvensen. Bland de 10 gener som identifieras visar sig de tydligaste effekterna i Med7 och Med10, som kodar för subenheter i mediatorkomplexet. Zaki Shaikhibrahim använder även 2-hybridexperiment och immunoutfällning för att studera interaktioner mellan proteinerna Med21, Med4, Med7 och Med10, som alla återfinns i mediatorkomplexets mittersta del och är livsnödvändiga.

I den andra studien utökar gruppen sina studier av interaktioner mellan proteiner till en annan del av mediatorkomplexet. Det gör de genom att studera vecknings- och sammansättningsprocessen hos tre av de subenheter som utgör mediatorns huvud: Med8, Med18 och Med20. Med hjälp av renade proteiner och en kombination av flera olika metoder visar forskargruppen att dessa subenheter är ömsesidigt beroende av varandra för att kunna veckas rätt och därmed inta sin rätta form.

Zaki Shaikhibrahim, som är engelskspråkig, befinner sig för närvarande i Tyskland där han kan nås på
tel. 0049 (0) 157 84 41 20 94,
e-post zaki.ibrahim@medchem.umu.se.
Han är tillbaka i Umeå fredag 8 januari, och nås då antingen genom e-postadressen ovan eller via handledaren Stefan Björklund,
tel. 090-786 67 88,  mobil 
070-216 28 90

Tisdag 12 januari försvarar Zaki Shaikhibrahim, Inst. för medicinsk kemi och biofysik, Umeå universitet, sin avhandling med titeln Dynamics of protein folding and subunit interactions in assembly of the yeast mediator complex.
Disputationen äger rum klockan 10.00 i hörsal KB3B1, KBC-huset. Fakultetsopponent är professor Bengt-Harald Jonsson, Linköpings universitet.

Avhandlingen är elektroniskt publicerad, se
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-29976