Storskalig nätverksanalys identifierade nästan 2000 nya cancergener

Forskare vid Stockholms Bioinformatik Centrum (SBC) har skapat världens mest kompletta proteinnätverk. I en artikel publicerad i tidskriften Molecular & Cellular Proteomics i april beskrivs hur forskarna använt detta nätverk för att söka efter gener som är kopplade till kända cancergener. Detta gav 1891 nya kandidater till cancergener totalt, varav 185 är kopplade till mer än 10 kända cancergener.

Nätverksdatabasen som är framtagen av professor Erik Sonnhammers grupp heter FunCoup vilket syftar på funktionell koppling mellan gener/proteiner. Att kartlägga biologiska processer i form av nätverk kan ses som nästa steg efter identifikationen av alla gener och grundläggande klassifikation av deras biokemiska funktioner.

- Varje gen och protein utövar sin funktion genom interaktioner med andra molekyler, oftast andra proteiner eller gener. Det är dessa interaktioner som FunCoup kan förutsäga, berättar Erik Sonnhammer.

FunCoup nätverket, som använts i studien för att identifiera nya cancergener, baseras på allmänt tillgängliga data av åtta olika slag som har integrerats med algoritmer utvecklade på SBC. På detta vis kan flera svaga indikatorer av funktionell koppling stödja varandra och tillsammans ge en stark signal. Med hjälp av en ny algoritm så har FunCoup nätverket sökts igenom systematiskt efter gener som tidigare inte har associerats till cancer, men som är kopplade till 812 kända cancergener.

- Listan av potentiella nya cancergener anger hur många kopplingar varje kandidat har som ett mått på relevans. De gener som rankas högst är mest sannolika att resultera i nya insikter om hur cancer uppstår och ge nya terapier för att förhindra cancer. Trots att dessa gener inte har associerats experimentellt med cancer, bör de alltså utgående från dessa resultat få hög prioritet i klinisk cancerforskning, säger Erik Sonnhammer.

Metoden har validerats på tre olika sätt, varav ett bygger på anrikning av proteinuttryck i tumörer jämfört med normal vävnad.

Ytterligare information:
Erik Sonnhammer, professor i bioinformatik, Stockholms Bioinformatik Centrum, AlbaNova, Stockholms universitet/KTH, tfn 08-55378567, 070-5586395, e-post: Erik.Sonnhammer@sbc.su.se, hemsida http://sonnhammer.sbc.su.se

http://FunCoup.sbc.su.se/ - Databasen, med verktyg för att analysera nätverken runt valfria gener.

Vid Stockholms universitet pågår utbildning och forskning på högsta nivå. Universitetet deltar i regionala, nationella och internationella samarbeten, i debatt och i samhällsutveckling. Här är mer än 50 000 studenter och 6 000 medarbetare verksamma inom humaniora, juridik, naturvetenskap, samhällsvetenskap och lärarutbildning i en miljö där öppna sinnen möts och utvecklas. www.su.se