Nytt verktyg för att analysera tumörprover

Om de mutationer som har orsakat en tumör kan identifieras så kan dessa ge viktig information för till exempel diagnostik och prognos av sjukdomen. Tumörprover är dock särskilt svåra att analysera. I en artikel i tidskriften Genome Biology beskriver forskare vid Uppsala universitet hur det nya verktyget Patchwork kan användas för att ta fram relevant information ur en helgenomsekvensering.

Mutationer i en tumör påverkar biokemiska signalvägar som leder till att tumörcellerna delar sig. Om man också kan få reda på vilka signalvägarna är kan man på lång sikt tänka sig att utveckla läkemedel som verkar på dessa.

Forskare håller just nu på med att försöka identifiera de mutationer som finns och är viktiga för tumörutvecklingen.

- Sekvensering av hela arvsmassan är ett attraktivt sätt att analysera tumörprover eftersom alla de mutationer som orsakat tumören i princip bör kunna identifieras. Det nya dataprogrammet Patchwork är en ny bioinformatisk metod som används för att analysera den mycket omfattande information som kommer av en helgenomsekvensering, säger Anders Isaksson, forskare i cancerfarmakologi och beräkningsmedicin vid Uppsala universitet.

Patchwork mäter antalet DNA-kopior och gör skillnad på de två ursprungliga kromosomerna. Sådan kopietalsanalys är ett viktigt steg mot att kunna integrera information om olika typer av mutationer och ge en heltäckande beskrivning och tolkning av arvsmassan i tumörcellerna.

Det finns problem som gör tumörprover speciellt svåra att analysera. Till exempel innehåller tumörvävnad ofta en hög andel celler utan mutationer. Dessutom innehåller tumörcellerna ofta många fler kromosomer än normala celler. Patchwork fungerar med en relativt låg tumörcellshalt och onormalt antal kromosomer. Kopietalsförändringar som endast berör en del av tumörcellerna och komplexa mutationsfenomen såsom chromothripsis kan undersökas i detalj.

Helgenomsekvensering blir allt billigare. För närvarande kostar en analys cirka 30 000 kronor och kan i framtiden komma att göras rutinmässigt inom sjukvården som ett led i en individualiserad behandling.

Patchwork finns fritt tillgängligt på http://patchwork.r-forge.r-project.org/

För mer information kontakta Anders Isaksson, Science for Life Laboratory, Institutionen för medicinska vetenskaper, Uppsala universitet, tel: 018-611 9782, e-post: Anders.Isaksson@medsci.uu.se

Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole genome sequenced tumor tissue,
Mayrhofer M, Dilorenzo S, Isaksson A., Genome Biol. 2013 Mar 25;14(3):R24. [Epub ahead of print]

Science for Life Laboratory är ett forskningscentrum som utvecklar, tillämpar och erbjuder storskalig teknik för molekylär biovetenskap, med fokus på biologi och medicin.