Nya metoder för snabbare genanalys

Att studera ärftliga egenskaper som beror av flera gener i samverkan kräver statistiska beräkningar som är mycket tidskrävande. Kajsa Ljungberg presenterar i sin avhandling flera olika algoritmer som gör beräkningarna betydligt snabbare och enklare. Den 13 januari försvarar hon avhandlingen vid Uppsala universitet. Kajsa Ljungberg Numerical Algorithms for Mapping of Multiple Quantitative Trait Loci in Experimental Populations ISBN: 91-554-6427-0 Abstract Medicinskt eller ekonomiskt betydelsefulla egenskaper, som till exempel blodtryck eller kroppsvikt, påverkas av flera gener och av miljön. Eftersom så många faktorer är inblandade är det svårt att reda ut sambanden mellan det genetiska arvet och egenskapen. QTL-analys är ett sätt att studera ärftliga egenskaper som beror av flera gener i samverkan. Den går att göra på människor, men det är lättare att studera korsningar mellan avlade djur, till exempel möss. Om exempelvis möss med ärftligt högt blodtryck paras med möss med lågt blodtryck varierar avkommorna mycket i blodtryck, samtidigt som deras arvsmassa är slumpmässiga mosaiker av bitar från hög- respektive lågtrycksmössen. - Man kan ringa in var i arvsmassan det sannolikt finns gener som styr blodtryck genom att göra en statistisk analys av sambandet mellan blodtrycket hos avkomman och vilka delar av arvsmassan som ärvts från vilken förälder, förklarar Kajsa Ljungberg. De statistiska beräkningarna tar lång tid, eftersom man måste leta efter kombinationer av flera positioner i arvsmassan som tillsammans visar ett samband med egenskapen. Vill man till exempel hitta den enskilt bästa av 1 000 positioner räcker det att göra 1 000 beräkningar. Men om man däremot vill undersöka alla kombinationer av fyra positioner valda från de 1 000 måste man göra 41 miljarder beräkningar. - Det skulle ta många år att göra med standardmjukvara, säger Kajsa Ljungberg. I sin avhandling presenterar hon flera olika algoritmer som gör att omöjligt långsamma beräkningar går att göra snabbt och enkelt, vilket i sin tur ger genetikerna möjlighet att med noggranna analyser hitta genetiska samband som tidigare var alltför beräkningsmässigt besvärliga att upptäcka. Metoderna har redan fått stor spridning, har inlemmats i flera vitt spridda mjukvarupaket, och används av forskare i flera länder. Kajsa Ljungberg kan kontaktas på 018-471 29 90, 073-785 19 52 eller via e-post. kl@it.uu.se Anneli Waara