DNA-cocktail gör det enkelt att hitta fisken i vattnet

eDNA är den ”cocktail” av alla organismers DNA som vi hittar överallt i vår miljö: i vatten, jord och luft. Ett vattenprov kan till exempel avslöja vilka fisk- och kräftarter som finns i en sjö, vilket gör tekniken högintressant för vissa frågor inom miljöövervakningen. En ny handledning från SLU beskriver eDNA-metodikens möjligheter - och begränsningar – vid provtagning i sötvatten.

- eDNA öppnar upp oanade möjligheter inom miljöövervakningen och är väldigt hett just nu. Det finns gott om företag som utför provtagningar och analyser. Men metoden kan inte svara på alla frågor, vilken den som beställer en undersökning från en utförare bör vara medveten om, säger Patrik Bohman miljöanalytiker vid institutionen för akvatiska resurser vid SLU (SLU Aqua).

SLU Aqua har lång erfarenhet av eDNA-projekt och av att applicera metodiken inom miljöövervakningen. Institutionen har bland annat använt tekniken för att spåra kräftpest (Aphanomyces astaci) och solabborre (Lepomis gibbosus) i vattendrag.

- Projekten har lärt oss att metoden är noggrann och kommer att bli mycket användbar, säger Patrik Bohman.

Den nya handledningen " eDNA i en droppe vatten - Vattenprovtagning av DNA från fisk, kräftor och musslor" inneehåller beskrivningar av hur man praktiskt spårar olika arter i sötvatten med hjälp av vattenprover. Den innehåller även rekommendationer för metodikval, undersökningsupplägg, avtalsskrivning med laboratorier och dataanalys. Den ger en vägledning över de mängder av metoder som används idag, och vilka som är tveksamma.

- Det kan kännas som en djungel att välja metod eller att hänga med i vad som behövs göras i en eDNA-undersökning. Därför har vi skrivit den här rapporten, och jag hoppas den kan användas som en handledning för att genomföra olika projekt, säger Patrik Bohman.

En fördel med eDNA-metodiken är att den är icke-förstörande. Man behöver alltså inte alltid provfiska och ta upp fisken för att kunna göra en enklare biodiversitetsundersökning eller för att upptäcka invasiva, främmande arter i ett vatten. Metodiken passar därmed bra i svårinventerade och känsliga miljöer.

Men metodiken kan inte svara på alla frågor. Det är svårt att beräkna hur stora bestånden är, något som är mycket viktigt inom miljöövervakningen. eDNA säger inte heller någonting om storleks- eller könsfördelning i till exempel ett fiskbestånd, och den ger inga indikationer på skador eller hälsostatus.

- eDNA är idag ett perfekt komplement till våra provfisken, och kan ge oss mer data vid biodiversitetsundersökningar eller vid övervakning av främmande eller sällsynta arter, säger Patrik Bohman.

- Men eDNA-metodiken behöver tydligare riktlinjer för att kunna verifieras och för att undersökningarna ska kunna upprepas på likvärdiga sätt. Idag utförs eDNA-studier på många olika sätt vilket försvårar detta arbete, men flera olika grupper arbetar också för att standardisera viktiga delar, t.ex. DNAqua-Net, säger Patrik Bohman.

Rapport:

Vattenprovtagning av DNA från fisk, kräftor och musslor – en kunskapssammanställning, Aqua reports 2018:18

Det här är eDNA!

• eDNA kommer från engelskans ”environmental DNA”, och kan översättas till ”miljö-DNA”
• Begreppet eDNA beskriver den cocktail av olika organismers genetiska material som erhålls direkt från miljöprover (vatten, mark, luft etc.). Det kan röra sig om allt ifrån levande djur eller djurdelar, till exempel ägg, spermier och larver, men även dött material som urin, avföring, slem eller fiskfjäll.
• Med hjälp av det eDNA som flyter omkring i våra sjöar och vattendrag går det att spåra vilka arter av fisk, musslor och kräftor som befinner sig i området.
• Fördelar med eDNA: ger en snabb och noggrann artbestämning, är skonsam mot arter och provtagningsmiljöer och kan upptäcka mycket få individer i ett vatten.
• Nackdelar med eDNA: säger inget om beståndsstrukturer (längd, ålder, kön, hälsostatus), eller biomassa och kan inte skilja på individer eller hybrider.

Kontakt

Patrik Bohman, miljöanalytiker vid institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua) , Sötvattenslaboratoriet, patrik.bohman@slu.se, 010- 478 42 17.