Ny metod kan rädda DNA ur Neandertalskelett

Att ta fram DNA ur forntida material kräver en extremt noggrann procedur för att förhindra inblandning av modernt DNA från miljön eller från forskarna. Men fossil har ofta legat i museisamlingar i årtionden och är redan förorenade när de anländer till DNA-laboratoriet. Nu finns en metod som kan lösa detta problem.

Den nya metoden, som tagits fram av Uppsalaforskare i samarbete med kollegor från Leipzig, presenteras i nätupplagan av Proceedings of the National Academy of Sciences, PNAS, denna vecka. Forskarna visar hur DNA från forntida ben, trots omfattande föroreningar, kan identifieras i datorn genom att använda en statistisk modell som beskriver nedbrytning av DNA i DNA-sekvenserna.

-   Många enormt intressanta lämningar från forntida människor har inte kunnat analyseras på grund av föroreningar av modernt DNA. Idén bakom vårt arbete var att helt enkelt ändra på det, säger Pontus Skoglund, försteförfattare och doktor i evolutionär genetik vid Uppsala universitet.

I syfte att tillämpa metoden på riktigt material, startade Skoglund och professor Mattias Jakobsson, Uppsala universitet, ett samarbete med Johannes Krauze och Svante Pääbo vid Max Planck Institute i Leipzig.Dessa hade tidigare försökt bestämma DNA-sekvensen från ett Neandertalben från Okladnikov-grottan i Sibirien, men konstaterat att det var förorenat med DNA från modern människa.

Genom att tillämpa den nya metoden kunde de avskilja modernt DNA och få fram det kompletta mitokondrie-DNA:t från fossilet och visa att det var mycket nära besläktat med andra Neandertalmänniskor i Europa. Än så länge kräver metoden att det DNA man vill identifiera måste vara minst tusen år gammalt.

-   Det finns många högst intressanta lämningar från människor som vi kan rädda från allvarliga föroreningar med denna metod. Den kan inte bara användas för Neandertalmänniskor, utan även för lämningar av anatomiskt moderna människor, säger Mattias Jakobsson.

Reference:
Separating endogenous ancient DNA from modern day contamination in a Siberian Neandertal. Skoglund, P.; Jakobsson, M.; Northoff, B.H.; Pääbo, S.; Krause, J.; Shunkov, M.V.; Derevianko, A.P; PNAS Online Early Edition the week of Jan 27-Jan31, 2014.

Kontaktpersoner:
Pontus Skoglund
Tel: 076-839 37 33, pontus.skoglund@ebc.uu.se

Mattias Jakobsson
Tel: 018-471 64 49 eller 076-769 81 69, mattias.jakobsson@ebc.uu.se