Unik webbportal bäddar för nya forskningsgenombrott

Rapporterna om stora kartläggningar av människors och djurs DNA duggar allt tätare och tekniken blir allt snabbare. Men det behövs utrymme att lagra alla data och inte minst: Kunskap om hur den kan analyseras. Nu lanserar Uppsala universitet en unik öppen webbportal för att tillgängliggöra den datorkraft och kunskap som idag utgör flaskhalsen för biologisk och medicinsk forskning.

-    Utan en hållbar infrastruktur riskerar vi att inte kunna dra maximal nytta av all data som forskningen producerar. Den här tjänsten kommer att leda till att forskningen snabbare kommer samhället till nytta, förklarar Ola Spjuth, vetenskaplig koordinator för den nationella resursen UPPNEX, som har tät koppling till den strategiska satsningen Science for Life Laboratory, SciLifeLab.

Teknikutvecklingen inom biovetenskapen har varit explosionsartad de senaste åren. DNA-sekvensering och proteinanalyser kan göras i betydligt större skala än tidigare, vilket producerar enorma mängder data som måste hanteras och analyseras. Detta ställer stora krav på att det finns tillräckliga lagringsutrymmen, fungerande verktyg och en samlad och tillgänglig kunskapsbas.

Forskningsresursen UPPNEX ska ge svenska forskargrupper lagringsutrymme och tillgång till den datorkraft som behövs för att analysera data och omvandla den till biologisk eller medicinsk kunskap. Istället för att som tidigare hämta resultaten från en sekvensering på en flyttbar hårddisk innebär den nya resursen att forskarna kan logga in direkt och analysera data på högpresterande datorer med de senaste programvarorna. Den nya webbportalen för det också möjligt att dra nytta av den samlade expertis som användarna utgör.

-    Uppsala har en stark position inom biovetenskaplig forskning och det är positivt att det görs en nationell satsning på storskalig lagring och analys av data här, säger Ingela Nyström, föreståndare för Uppsala universitets centrum för högpresterande beräkningar, UPPMAX.

-    Det ska helt enkelt bli enklare, snabbare och billigare. Och det ökar möjligheterna för Sverige att behålla sin framträdande position inom den biovetenskapliga forskningen, säger Ola Spjuth.

Läs mer om portalen.

Projektet finansieras genom anslag från Knut och Alice Wallenberg stiftelse och SNIC, Sveriges nationella resurs för högpresterande datorberäkning. Huvudansvarig är Ingela Nyström, Kerstin Lindblad-Toh, föreståndare SciLifeLab och projektledare är Jonas Hagberg.

För mer information, kontakta Ola Spjuth, forskare vid institutionen för farmaceutisk biovetenskap vid Uppsala universitet, tel: 018-471 42 81, 070-425 06 28, ola.spjuth@farmbio.uu.se eller Ingela Nyström, föreståndare vid UPPMAX, tel: 018-471 34 70, 070-167 90 45, ingela.nystrom@it.uu.se