SciLifeLab Uppsala lanserar demonstrationsprojekt

Med gränsöverskridande samarbete och storskalig teknik är det möjligt att åstadkomma både nydanande medicinsk forskning och samhällsnytta. Detta vill SciLifeLab Uppsala nu demonstrera genom en rad projekt som får chansen att pröva nya vägar.

- Vi ska genom relativt små projekt testa nya idéer och tekniker och sedan utvidga de som visar sig ha störst potential. Centralt för projekten är det vi kallar SciLife-andan, dvs kreativa samarbeten mellan olika forskarkompetenser kring den storskaliga teknik som finns inom SciLifeLab, säger professor Kerstin Lindblad-Toh, forskningsledare vid SciLifelab Uppsala som tillsammans med SciLifeLab Stockholm har som målsättning att bli en av världens ledande forskningslaboratorier inom livsvetenskaperna.

SciLifeLab Uppsala är en stark forskningsmiljö vid Uppsala universitet som förra året tillsammans med forskare i Stockholm fick regeringens strategiska forskningsanslag inom molekylär biovetenskap.  Sex demonstrationsprojekt har nu utsetts och får mellan 350 000 och 700 000 kronor för att testa nya idéer och tekniker. Tanken är att de av dessa relativt små projekt som visar sig ha störst potential sedan ska utvidgas. Projekten har utsetts av oberoende experter inom området baserat på cirka 25 ansökningar.

SciLifeLab Uppsala samverkar med sin motsvarighet i Stockholm, SciLifeLab Stockholm.

För mer information, kontakta forskningsledare Kerstin Lindblad-Toh, mobil: 070-324 23 36 eller kerstin.lindblad-toh@imbim.uu.se

Kort om demonstrationsprojekten:

Chromatin regulatory RNAome in normal and cancer cells
Forskningsledare: Chandra Kanduri, institutionen för genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet.

Närmare 99 procent av människans arvsmassa består av icke-kodande RNA-molekyler, det vill säga de ger inte upphov till några proteiner. Däremot har dessa molekyler sin funktion som just RNA. Funktionen hos tusentals nyligen upptäckta icke-kodande RNA-molekyler är idag till största delen okänd.
Det finns nu forskning både från Uppsalagruppen och från andra laboratorier, som visar att långa icke-kodande RNA reglerar olika viktiga biologiska funktioner med hjälp av kromatin. Pågående forskning tyder också på att icke-kodande RNA även kan stimulera cancermetastaser genom omprogrammering av kromatinstrukturen. Uppsalaforskarna, som nyligen karakterisera över 200 funktionella icke-kodande RNA hos människa via en ny teknik, kommer inom ramen för demonstrationsprojektet att fortsätta att studera dessa molekylers betydelse i cancerceller och stamceller i olika modellorganismer.

-    Genom att kombinera avancerad teknik med studier på modellorganismer hoppas vi kunna förstå vilken roll icke-kodande RNA spelar både vid normal utveckling och vid sjukdom, säger Chandrasekhar Kanduri.

Mer om forskningen i Chandras grupp: http://www.genpat.uu.se/node228


Sequencing Bacterial Genomes in 96 Microtitre Formats
Forskningsledare: Siv Andersson, avdelningen för molekylär evolution, Evolutionsbiologiskt centrum.

I maj blåste miljarder ryska bladlöss ner över Östersjön. I detta projekt ska arvsmassorna hos bakterier som finns i bladlöss och andra insekter studeras. Målet är att utveckla tekniker för att kartlägga bakteriers arvsmassor i mycket stor skala med utgångspunkt från extremt små mängder DNA. Totalt ska 96 bakteriella arvsmassor kartläggas från 96 enskilda insekter i ett enda experiment.
- I framtiden kan detta möjliggöra globala studier av spridningsvägarna för sjukdomsframkallande bakterier i stor skala och visa på förändringar i deras arvsmassor som kan leda till nya epidemier, säger Siv Andersson.
Mer om forskningen i Anderssons grupp: http://www.egs.uu.se/molev/staff/siv_a_rea.html


Mechanisms and biological roles of bacterial regulatory RNAs: Global effects and involvement of helper protein
Forskningsledare: Gerhart Wagner, institutionen för cell- och molekylärbiologi, BMC.

Regulatoriska RNA i bakterier och associerade proteiner är temat i gruppens projekt. Dessa RNA styr fysiologiska egenskaper som stresstålighet i bakterier, men även deras sjukdomsalstrande förmåga. I projektet kommer storskalig sekvensering att användas för att förstå den gåtfulla mekanism som ger förvärvad immunitet mot bakterievirus - på ett sätt som påminner om immunitet i däggdjur. Denna mekanism ligger till grund för den evolutionära tävlan - eller kapprustningen - mellan bakterier och virus. En ny metod för mutationsanalys kommer också att utvecklas, baserat på miljontals enstaka mutationer som kartläggs.
Mer om forskningen i Wagners grupp:
http://www.urrc-linnaeuscentre.uu.se/aboutSV.html


Whole genome sequencing of monozygotic twins
Forskningsledare: Lars Feuk, institutionen för genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet.

Enäggstvillingar anses ha identiska uppsättningar av arvsmassan. Ändå finns det många exempel där det ena syskonet drabbas av en sjukdom som är genetiskt betingad, medan det andra syskonet inte uppvisar några symptom. Möjliga förklaringar till detta kan vara antingen att det sker genetiska förändringar tidigt under embryonalutvecklingen eller i samband med bildningen av specifika vävnader, som gör att de genetiska skillnaderna bara finns i vissa av kroppens celler. Alternativt kan sjukdomen orsakas av en interaktion mellan en genetisk faktor och en miljöfaktor som endast den sjuka tvillingen exponerats för. Med nya tekniker är det nu möjligt att direkt testa de två första av dessa hypoteser genom att läsa av hela arvsmassan.
- Inom vårt projekt kommer vi därför sekvensera hela arvsmassan från ett par enäggstvillingar, och vi kommer göra detta i två olika vävnader från varje tvilling. Om genetiska skillnader kan detekteras så innebär det nya möjligheter att hitta gener inblandade i olika sjukdomar, säger Lars Feuk.
Mer om forskningen i Feuks grupp: http://www.genpat.uu.se/node560


Somatic genetic variation in asthma; disease diagnostics, biomarker and drug discovery
Forskningsledare: Jan Dumanski, institutionen för genetik och patologi, Rubecklaboratoriet.

Vi vet idag att olika celler i kroppen hos en och samma person inte är genetiskt identiska. Skillnader i gener uppkommer under livet och kan identifieras med hjälp av modern teknik. Forskarnas hypotes är att denna typ av variation är viktig för uppkomsten av astma som drabbar omkring 10 procent av befolkningen - att det finns små genetiska förändringar i gener hos lymfocyter i astmapatientens blod, jämfört med bindvävsceller från samma individ. Målet med projektet är att finna samband mellan genetiska och epigenetiska skillnader hos astmapatienter med två väldefinierade subtyper av astma; allergisk och icke-allergisk astma. Forskarna kommer även att studera par av enäggstvillingar som skiljer sig med avseende på astmastatus; där en är frisk och den andra sjuk.
- Vår målsättning är att karakterisera nya genetiska astmaspecifika förändringar som kan utnyttjas för att förbättra diagnostik eller behandling av astma patienter, säger Jan Dumanski.
Mer om forskningen i Dumanskis grupp: http://www.genpat.uu.se/node135


Analyses of the genetic determinants of the plasma proteome
Forskningsledare: Jonas Bergquist, institutionen för fysikalisk och analytisk kemi.

Forskargruppen ska med högupplösande vätskekromatografi och masspektrometri göra en unik karakterisering av proteinerna i plasma. Tanken är att försöka skilja så många komponenter som möjligt åt och mäta deras mängd (utan att för den skulle kunna identifiera dem alla). Mätningarna görs på ett stort populationsmaterial (cirka 700 personer som alla kommer från ett enda stort släktträd) där man gjort genetisk kartläggning av arvsmassan. Dessa analyser innebär en slags kartläggning av kopplingen mellan plasmaproteiner och de delar av vår arvsmassa som påverkar dem.
- Detta skulle kunna bli ett mycket viktigt verktyg för vidare studier av biomarkörer för våra vanliga folksjukdomar och öppna helt nya vägar inom det medicinska forskningsfältet, säger Jonas Bergquist.
Mer om forskningen i Bergquists grupp: http://www.analytisk.kemi.uu.se/sve/forskning/index.shtm